Die Stiftung ist aus dem von Essener Bürgern und Unternehmen gegründeten Verkehrsverein hervorgegangen. Dem fühlt sich die Stiftung auch bei der Besetzung der Gremien verpflichtet.
Die Stiftung wird von einem fünfköpfigen ehrenamtlich arbeitenden Vorstand geleitet, der sich – und das ist in der Satzung festgelegt – überwiegend aus Persönlichkeiten der Essener Wirtschaft zusammensetzt. Der Vorstand ist für die Vergabe der Fördermittel zuständig. Ihm dürfen deshalb auch keine Vertreter von Förderempfängern angehören. Die Vorstandsmitglieder werden im Rahmen der Satzungsvorgaben auf Vorschlag des Vorstands vom Kuratorium gewählt.
Bei den drei Mitgliedern des Kuratoriums handelt es sich immer um den Oberbürgermeister der Stadt Essen, den Präsidenten der Industrie- und Handelskammer für Essen, Mülheim an der Ruhr, Oberhausen zu Essen und den Dekan der medizinischen Fakultät der Universität Duisburg - Essen. Sie beraten ähnlich wie ein Aufsichtsrat den Vorstand, stellen den Jahresabschluss fest und wählen die Vorstandsmitglieder.
Der Geschäftsführer führt die laufenden Geschäfte. Er übt die Tätigkeit nebenamtlich aus. Der derzeitige Geschäftsführer, der vom Vorstand bestellt wurde, ist Partner der WPG/StBG RLT Ruhrmann Tieben & Partner mbB in Essen, in deren Räumen sich auch die Geschäftsstelle der Stiftung befindet.
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Wie alle rechtsfähigen Stiftungen steht auch die Kulturstiftung Essen unter der Stiftungsaufsicht des Regierungspräsidenten Düsseldorf.